Né le 27 septembre 1948, certifié (1971) puis agrégé de philosophie (1972), après des études à la Sorbonne, Alain de Libera a d'abord enseigné la psychopédagogie à l'École normale d'instituteurs de Quimper (1972-1975). Entré au Centre national de la recherche scientifique en 1975, comme attaché puis chargé de recherche au Centre d'Études des religions du Livre, laboratoire de l'École pratique des hautes études associé au CNRS, il a été élu en 1985 directeur d'études à la Ve section (Sciences religieuses) de l'EPHE, à la direction d'études d'Histoire des théologies chrétiennes dans l'Occident médiéval, anciennement Histoire des doctrines et des dogmes (Etienne Gilson), puis Histoire des théologies médiévales (Paul Vignaux et René Roques). En 1997, il a été nommé professeur ordinaire, détaché à l'université de Genève, sur une chaire d'Histoire de la philosophie médiévale. Il a, en 2012, été élu sur le même intitulé, professeur au Collège de France.

Alain de Libera a, auparavant, enseigné dans de nombreuses institutions. Chargé de cours à l'Université de Paris X-Nanterre, chargé d'enseignement à l'École normale supérieure Ulm-Sèvres, professeur associé à l'université de Padoue, plusieurs fois chargé de cours aux universités de Fribourg (Suisse) et de Neuchâtel, professeur associé à l'université de Lugano, professeur associé à l'université d'État de Rio de Janeiro, professeur invité aux universités de Moscou et de Saint-Pétersbourg (Collège franco-russe), il a été titulaire de la Chaire Francqui pour les étrangers (1993-1994, université de Liège), de la Chaire Cardinal-Mercier (1997, faculté de philosophie de l'université catholique de Louvain), de la Chaire Étienne Gilson (2000, Institut catholique de Paris), de la Chaire Perelmann (2010, Université libre de Bruxelles), de la Gastprofessur für französische Literatur und Kultur (2012, École Polytechnique Fédérale de Zürich).

Il a dirigé plusieurs groupes de recherches en France et en Suisse, dont la RCP 800 du CNRS, Le néoplatonisme médiéval. Albert le Grand et son école (1985-1993), le GDR 0800 du CNRS, Histoire de la psychologie ancienne et médiévale (1993-1998), les projets FNS Signification et référence dans les « Sophismata » (Université de Genève, 2001-2005), Translatio Studiorum. La réception de la philosophie arabo-musulmane dans l'Occident médiéval latin (2003-2007) et Sémantique formelle et langage naturel au XIIIe siècle (2010-2012). Il a également codirigé le Grundriss der Geschichte der Philosophie : 12. Jahrhundert (Ueberweg) avec MM. R. Imbach, Paris IV-Sorbonne, Th. Ricklin, Ludwig-Maximilians-Universität, Munich et L. Cesalli, Unige, puis CNRS).

Il a exercé divers mandats, dont ceux de membre de la commission de philosophie du Centre national du Livre (1988-1992), de membre du comité national du CNRS, membre du bureau, section 35 (1991-1995), de membre du Conseil national de coordination des sciences de l'homme et de la société (2001-2002), de vice-président de la Société internationale pour l'étude de la philosophie médiévale (2002-2012), et de membre de la commission de Philosophie, psychanalyse et sciences des religions du Centre national du Livre (2008-2010).

Codirecteur de la collection Études de philosophie médiévale (J. Vrin), fondateur et directeur de la collection Sic et Non (J. Vrin), il a été codirecteur de la collection Des travaux aux Éditions du Seuil, est Editorial consultant de The New Synthese Historical Library et de Medioevo, membre du conseil scientifique du Bochumer philosophisches Jahrbuch für Antike und Mittelalter, membre du comité de rédaction des Archives d'histoire doctrinale et littéraire du Moyen Âge, du conseil de rédaction des Recherches de théologie et philo­sophie médiévales (Cologne-Leuven) et du comité de rédaction de Critique.

Corresponding Fellow de la British Academy depuis 2012, il