Apologetika.lt misija susideda iš 5 dalių:

Pristatyti artikuliuotą ir intelektualų pagrindimą biblinei krikščionybei viešajame diskurse bei jį apginti;
Kviesti netikinčiuosius pažvelgti į krikščioniškosios tiesos teiginius, juos ištirti bei suprasti, kokias implikacijas Evangelija turi jiems asmeniškai;
Padėti krikščionims įsišaknyti tikėjime;
Įgalinti tikinčiuosius įtikinamai ir pagrįstai artikuliuoti krikščionybės tiesas bei pagarbiai atsakyti tiems, kurie turi klausimų/prieštarauja/neigia krikščioniškąjį tikėjimą;
Praktiniu patarnavimu liudyti Kristaus meilę ir Evangelijos jėgą.