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遠藤礼子さんをゲストに迎え、アメリカのスタートアップ(Biobot Analytics)での仕事、下水疫学とCOVID-19、マラリア研究のためのエチオピアでのフィールドワークと大学院留学、自分を成長させる方法、故郷・山形への熱い思いと将来の目標について話しました。Shownotes

遠藤礼子(Noriko Endo)さん … 今回のゲスト。tadasuがこいつ強すぎるぜぇ…と思っている一人。今回は出演していただき光栄です。
解答のない参考書 - 人生をデザインするための12人のインタビュー - #01遠藤礼子さん … こちらに遠藤さんの経歴がまとめられています。
山形東高校 … 東北の名門
山辺町 … 今の町長さんも遠藤さんだけど遠藤礼子さんとは関係ないらしい。
MIT
Biobot Analytics
TIME100 MOST INFLUENTIAL COMPANIES OF 2022 … Biobot AnalyticsはTIME誌が選定したMOST INFLUENTIAL COMPANIES of 2022に選ばれました！
The 10 most innovative biotechnology companies of 2021 … こちらにもBiobot Analyticsは選ばれています！
オピオイド
public health(公衆衛生)
overdose …過剰摂取
policy intervention … 政策介入
legal consequence … 法的効果
Duvallet et al. ACS EST Water (2022)) … “Nationwide Trends in COVID-19 Cases and SARS-CoV-2 RNA Wastewater Concentrations in the United States”: Biobot Analyticsのチームによる論文
Pepper mild mottle virus(PMMV)
Cambridge Covid19
Weekly Municipal Wastewater Sampling Data
下水疫学 … Wastewater-based epidemiology
CDC(Centers for Disease Control and Prevention)
Biobot Analyticsによる測定値 … 見るだけで楽しい。
下水シグナルとクリニカルシグナルのラグが14週間と言っている部分がありますが、14日間の間違いです。(by 遠藤さん)
Oct-Nov 2020 in Cambridge … Cambridgeでは綺麗にBiobot Analyticsの測定値が患者数のearly indicatorになっていたのだが、今となって見直すともう数が違いすぎて何が何だかわからない笑
Endo 2017 … 遠藤さんのD論:Malaria transmission around the Koka Reservoir in Ethiopia : field observations, model predictions, and strategies for prevention
コカ貯水池
マラリア
hydrology … 水文学
hydraulics/hydrodynamics … 水理学/水力学
エチオピア
ナイル川
ルネサンスダム
Civil and Environmental Engineering @MIT
Earth Science @MIT
Political Science
ハマダラカ
デング熱
ジカ熱
undergrad … 学部生
世界銀行
アジア開発銀行
depression … 鬱
高校浪人 … 留年じゃなかった…日本語だめだ…
左沢線
COTEN RADIO … 遠藤さんが好きなポッドキャスト


Editorial Notes

話すのって難しいですね。複数での話すから必ずしも思い通りの章構成にならないし、書くときと違って文単位の校正できないし、そもそも日本語で話すことに慣れていない。聞きずらかったらすみません。今年1年日本で働くので精進します。(noriko)
遠藤さんにゲスト出演していただき感動です！2.5年ぶりに対面収録したのでtadasuの声がボエボエになってしまいました…遠藤さんの声は綺麗に撮れているから許してください。次回はもっと綺麗に撮れるようにがんばります！そして最後のコメントまで成長の鬼だった…(tadasu)

植物の名前がわからない問題、スポーツ・ゲームのいいプレイとは何かについて議論しました。Shownotes

ぷらんちゅ … “君と植物を同定して紡ぐ恋愛物語。植物を同定して進める恋愛ゲームです！植物の同定に自信がない方も、問題なくプレイできますのでぜひぜひプレイしてみてください！勿論自信がある方も挑戦してみてくださいね！”
ぷらんちゅ IN Singapore … “植物同定恋愛ゲーム第二弾！今回の舞台はシンガポールです。シンガポールにある植物を、沢山知ることができます。同定に自信がない人も、シンガポールの植物を知らない人も、こんなものがあるんだ～と楽しんで頂けたら幸いです！きっとあなたもシンガポールに来たくなる！”
まいん先生 … ゲーム開発者と化したまいん先生
ぷらんちゅ実況動画 by Researchat.fm … 開発者のまいん先生を迎え、ぷらんちゅをプレイしました。
ぷらんちゅ IN Singapore 実況動画 by Researchat.fm … 開発者のまいん先生を迎え、ぷらんちゅ IN Singaporeをプレイしました。
nanopore
Street Fighter V
Street Fighter 6
弟切草 … 花言葉は、「復讐」。
researchat.book … 出ることのない幻の本
ポについて話した回
ポ画ZINE … ポ絵かきの同人誌が出る？PDF版もあるっぽい？
ポ絵かき
テスタメント
過去の攻略回　… ep53 とか ep109 とか
2006年インターハイ剣道　水戸葵陵初優勝 … tadasuは小6の時に同級生の遅野井選手を2001年の正月に松山でみてちびったんだよ。まじで。こんなにつえーやついんの？って。撮影したビデオを本当に擦り切れるまで見返したんだよ。遅野井選手はIH優勝も輝かしいけれども、魁星旗2005の決勝逆4タテはマジで痺れた。とかいいつつ、我々はこの動画の準優勝の成田選手率いる桐蔭学園にフルボッコに予選でされたわけですが笑 今同世代の筆頭といえば西村選手ですが、成田選手も本当にちびるぐらい強かった。北海道の神童村上選手もチームにいるし、東京出身の最強一年生田島選手、宮城の若松兄弟もいて、山形の野口選手もいて、本当に当時の桐蔭学園は泣くほど強かった…オールスターだった。
1986年の高校剣道,伝説のPL学園鍋山選手 … だいぶ雰囲気違いますね。鍋山選手、そのあとの活躍も凄まじい。数少ない玉龍旗が関門海峡を渡った優勝のうちの一つ。
梅ヶ谷選手の伝説のやつ … 東京ポッド許可局でもマキタ局員が熱く話していたあれ。
梶谷彪雅一本集 … 本当に気持ち良い。
梶谷選手のYouTube … 爆誕していた。というか気づいてなかった…試合の解説や選手間での対談もあってうれしい！最高！
第69回全日本選手権　一本集　… 本当に気持ち良い。
高校剣道　一本集 8 - Highschool Kendo Ippons 8 … 動きが速すぎるんよ。どうなってるの？
剣道の技術革新 … あまし技とか(抜き技の変形)？
剣道のレッドブルアスリート … 公務員以外での剣道プレイヤーの爆誕に期待したい。梶谷選手みたいにYouTubeでぶん回していくのも楽しみですね。
秋田面 … 昔、秋田面という肩で抜く伝説の技一本で全国トップまで上り詰めた選手がいたという。秋田出身で東京教育大学で名を馳せたらしいが詳細不明。知っている人、ご連絡ください。
おれは鉄平 … tadasu(& coela?)のバイブル。本当に好き。風車だった気がする。
巻技 … 竹刀飛ばすやつ。有名なのだとこの動画と

ヒトの細胞で人工的なクオラムセンシングの構築を目指した論文を紹介しました。Shownotes

Synthetic mammalian signaling circuits for robust cell population control. Cell 2022 … 今回sohが紹介する論文です
The Elowitz Lab at Caltech
Quorum sensing (Wikipedia)
80. Guest explains everything (Researchat.fm) … Pomeさんをゲストに迎え、CAR-T治療などについて教えていただいた回
Nishimura et al. Nature Methods 2009 … “An auxin-based degron system for the rapid depletion of proteins in nonplant cells”
Blasticidin S
DamID


Editorial Notes

随分と収録から公開の間が空いてしまいましたが引き続き論文を紹介していきます (soh)
Quorum sensingおもしろいなぁ(tadasu)

研エンの仲の二人(ryohei, ayaka)が大学に訪問されたので記念収録しました。(w/ miyawaki)Shownotes

研エンの仲
Neuroradio
Harvard Museum of Natural History
Glass flowers and plants
Aye-aye (アイアイ) … お猿さんなのか？？？
Science Center … 有名な建築家が作った建物
MBTA redline … ボストン周辺は電車が結構走っているので住み良いです(なお家賃…
Amtrak … アメリカの鉄道。ボストンからフロリダまで行けるらしいが乗ったことはない。Peterpan busなどの格安バスでもNY-Boston間は移動可能(もちろん、車、飛行機も可能)。名古屋-東京間ぐらい？
Gordon Research Conferences
The Power Hour
ハーバードの古いコンピューター … Howard Aikenが作ったMark IがScience Centerには展示されていた。今は他の場所に移動。
Harvard Yard
Nicholas Bellono … この会合の時に話したtadasuがたまげた研究者。


Editorial Notes

環境音が乗ると Vlog (Alog?) 感があって新鮮ですね。ボストン案内していただきありがとうございました! (ryohei & ayaka)
ゲリラ収録面白かったです。三番組のパーソナリティが対面で集まった時の定番になったりして笑　またなんかやりましょう！(miyawaki)
ポッドキャストのつながりでお会いできてよかったです！miyawakiさんも来てくれてありがとう！博物館では刺激をいただきました(tadasu)

春の訪れ、Daylight saving time、ペッパーランチの思い出、マリトッツォって何、磁力を使って生きた細胞の中のクロマチンを動かす論文、種間で寿命のばらつきが非常に大きい(11-200歳)根魚のゲノム解析論文について話しました。Shownotes

Daylight saving time … いわゆるサマータイム
ソメイヨシノ … ソメイヨシノ研究といえば遺伝研の竹中要先生。
Daylight saving timeを一年中使うことの議論
ペッパーランチ
超高級食材でペッパーランチ作ったら美味すぎて言葉を失いました… (by ヒカキン) … 飯テロ許すまじ！
Pepper Lunch in Vancouver
Yoshinoya
Yayoi
BOSSO … Harvard Buisiness Schoolを卒業した人が始めたラーメン屋さん。唐揚げが一番おいしかった。
mochi doughnuts & Taiyaki … ポンデリング系ドーナッツ(mochi doughnuts)とタイ焼きの口からアイスが突っ込まれているタイ焼きアイスクリームのヒットについてはまた話したい。
Tsurumen davis … Researchat.fm ep5で登場した1000日しか営業しないラーメン屋さん。ついに1000日を迎え、営業を終えた（らしい）
マリトッツォ … 名前だけ聞いたことがある伝説上の食べ物
BOOK OFF NY
Keizer et al. bioRxiv (2021) … “Live-cell micromanipulation of a genomic locus reveals interphase chromatin mechanics”
John Gurdon
Egli et al. Nature (2007) … “Developmental reprogramming after chromosome transfer into mitotic mouse zygotes” 体細胞の染色体スワップではなかったです…
光ピンセット(Optical tweezers)
磁気ピンセット(Magnetic tweezers)
Atomic Force Microscope (AFM)
Tetracycline (Tet) Inducible Expression
mCherry
Yang and Shah Front. Oncol. (2020) … “Nanobodies: Next Generation of Cancer Diagnostics and Therapeutics”
Ferritin
パーマロイ … ニッケル鉄の合金
Kolora et al. Science (2021) … “Origins and evolution of extreme life span in Pacific Ocean rockfishes”
根魚
Lu et al., Science (2021) … “Long-lived fish in a big pond”


Editorial Notes

今年のカナダは歴史的な降水量で雨ばかりの日々でしたが、先週から1ヶ月遅れでようやく夏が来ました (soh)
時節の話なんかするものだから季節外れの話になってしまいました。タイトルにはTweezersを入れましたが、magnetic tweezersの論文ではないです。Rockfishの寿命論文はオープンアクセスではなかった…すいません。(tadasu)

kagayaさんをゲストに迎え、アメリカザリガニの自発性行動開始の脳研究における単一ニューロンの膜電位活動の記録とその形態染色技術の話、超高速パンチをするシャコの研究、リカレントニューラルネットワークの機械学習フレームワークであるリザバーコンピューティングについてお話をうかがいました。 (w/ mazさん)Guest (加賀谷の研究履歴)
アメリカザリガニの自発性行動開始の脳機構研究(高畑雅一lab)

行動が外部感覚刺激ではなく自発内発的に生じるとき、その開始が起こる脳内機構を調べるため、ザリガニ脳内の単一ニューロンの膜電位活動を記録、形態染色の技を卒論時から9年間継続してようやく特定のニューロンが見つかった。
シャコの超高速運動の研究(Sheila Patek lab)

神経系が身体機構を通して環境に働きかけるメカニズムの研究として、超高速パンチをするシャコを研究。
カニの行動の個性の研究(Seto Marine Biology lab)

京大白浜水族館の飼育員の原田桂太さんがカイメンで帽子をつくるカニをシャコ水槽の隣でされていて、体のわりに小さすぎる帽子をつくってるカニがいたりして、行動実験とデータ解析を計画。ベイズ統計による解析。
ソフトロボット研究(中嶋浩平 lab→國吉中嶋 lab 2022-)

科研費の新学術領域ソフトロボット学に公募班で採用されて、ソフトロボット的研究開始。中嶋さんとは京大白眉、この領域でお世話になり、現在中嶋ラボへ。


Shownotes

Katsushi Kagaya
maz
Researchat.fm mazさん回 (ep133) … “mazさんをゲストに迎え、自身の研究の変遷を軸に、バイオメカニクスのおもしろさを話していただきました。”
ゆるふわ生物学 の シャコパンチ回
カニの行動の個性の研究
ソフロボ：ソフトロボット、新学術領域ソフトロボット学
リザバー: リザバー・コンピューティング(recurrent neural networkの機械学習法のひとつ) 中嶋さんの総説
北大水泳部
kagayaさんの輝かしい水泳の記録 … 勝手に貼ってすいません！(tadasu)
北大理学部生物学科
山本貴司さん
千葉すずさん
イトマンオーストラリア遠征：年に一度、全国のイトマンスイミングスクールから選抜され豪州遠征があった。
近大附属高校：近畿大学附属高等学校。当時、普通科、理数科、国際科のほか、水泳をはじめスポーツによる活動を重視するクラスもあった。
「鳥が飛ぶようにヒトは言語をつかう」Steven Pinker, Language Instinct
高畑雅一 (たかはたまさかず)： kagayaの北大在籍時の先生
アメフラシの神経：キャンデル神経科学のエリック・キャンデルのアメフラシの神経系で学習の分子機構の研究
イカの神経: ホジキンとハクスレーはじめとする活動電位の発生メカニズムの研究が念頭にありました
シナプス統合作用：中枢ニューロンは、複雑な形状をもった樹状突起をもって多くの他のニューロンとシナプスを形成する。細胞でのシナプス電位の空間的時間的分布は、シナプス部位からの解剖学的距離だけでなく、三次元構造、膜・細胞質の電気的性質、電位依存型イオンチャネルによるコンダクタンス変化などの影響を受ける。シナプスでの電流が細胞内をどう拡散していくかと合わせてこれらが「神経計算の実体」に大きな影響を与える。この入出力関係(計算)を決めている諸過程をシナプス統合作用という。
ザリガニの脳：kaga