Milenio 3 es un programa de radio nocturno español, dirigido y presentado por Iker Jiménez, que se emite en las madrugadas del sábado al domingo en la Cadena SER. En él se tratan temas relacionados con el denominado periodismo del misterio o periodismo de lo desconocido: misterios no resueltos, fenómenos paranormales, sucesos extraños, enigmas y leyendas, historia antigua, ciencia, etc. Desde noviembre de 2005, Milenio 3 cuenta con un programa "hermano", titulado Cuarto Milenio y capitaneado por el mismo equipo, en el canal de televisión Cuatro.

Tras más de una década de emisión, el espacio es líder de audiencia en su franja horaria (llegó a alcanzar los 750.000 oyentes en el inicio de su 10ª temporada, según el Estudio General de Medios de octubre de 2010, logrando así su récord histórico) y es además el espacio radiofónico de madrugada más escuchado de la radio española y el más descargado en Internet en todo el ámbito de habla hispana. Desde noviembre de 2005, Milenio 3 cuenta con un programa "hermano", titulado Cuarto Milenio y capitaneado por el mismo equipo, en el canal de televisión Cuatro.

Actualmente su única edición semanal se emite en la madrugada del sábado al domingo, de 1:30 a 4:00, pudiéndose también descargar los contenidos del programa desde la web del mismo o a través de su podcast. [1] En temporadas anteriores, el espacio se emitía en dos ediciones semanales (inicialmente los sábados y domingos, y posteriormente los viernes, de 1:30 a 3:00, y sábados, de 1:00 a 3:00), pero a partir de la 8ª temporada (2008-2009) Milenio 3 se redujo a una edición semanal de tres horas de duración por petición expresa del equipo del programa, según reconoció el propio director del mismo. En la nueva temporada 2011-2012, por iniciativa de la Cadena SER el espacio reduce en 30 minutos su duración, aunque, según su director, aumentará la variedad de sus contenidos.

En su 11ª temporada el veterano espacio volvió a contar, como colaborador fijo, con el periodista y escritor Javier Sierra (que ya participó en la primera emisión de Milenio 3, el 1 de junio de 2002, y, desde entonces, en otras muchas colaboraciones esporádicas), y con nuevas secciones: El informativo del misterio, ideada por Javier Sierra, Carmen Porter y Fermín Agustí; Milenio Red, coordinada por Diego Marañón; Biografías, a cargo de Javier Sierra, y Basado en hechos reales, con Javier Pérez Campos. Se mantienen como secciones intermitentes dos de las más celebradas por la audiencia potencial del espacio: El mundo de las conspiraciones y Los amigos de Santi Camacho, ambas a cargo de Santiago Camacho, y se recupera una sección clásica de los inicios del programa: las historias de misterio dramatizadas por las voces de los veteranos José María del Río y Primitivo Rojas. También se mantienen las secciones La efeméride de Milenio 3, con Carlos Largo, y Así lo contó la Ser, con Fermín Agustí y Carlos Largo. Además, la interactividad permanente y en tiempo real con los oyentes —a través de correo electrónico, mensajes de móvil o llamadas telefónicas, y de la encuesta semanal en la web del programa— sigue siendo la principal seña de identidad del mismo gracias a Guillermo León y Carmen Porter.

En octubre de 2010, el Estudio General de Medios (EGM) —elaborado, desde 1968, con periodicidad trimestral por la Asociación para la Investigación de Medios de Comunicación (AIMC) como herramienta de seguimiento del consumo de medios de comunicación en España— publicó su 3ª oleada de 2010, en la que Milenio 3 establecía un récord de audiencia en la radiodifusión española al alcanzar una marca de 750.000 oyentes (con un incremento de +166.000 oyentes con respecto a la anterior oleada, en julio de 2010), el registro de audiencia más alto alcanzado, en la franja horaria de madrugada de fin de semana, por un programa de radio en España desde que existen las mediciones de audiencias. Actualm