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TED風トーク、DIY引っ越し、ライティングとLLM、買って良かった某アイテムについて雑談。後半は初のおたより回 (4/18収録)

Show Notes (番組HP):

雑談パート


Doudna
TEDに出た
神経科学学会にDoudnaが来た
U-Haul
DeepL Write
2021のIntercalated cluster論文
ChatGPT
Claude
Nature系列がやってる校閲サービス
Paperpile
Tushy
Totoの携帯用Washlet
シュピューラー

おたより紹介パート


押尾学
重要度と緊急度のマトリックス
ビジネス書
論文は常に書いていくもの、の出典
を書いたGeorge Whiteside
岡本太郎的な
Trachtenberg
ScanzianiがNeuronに出した
Yang DanからNature
Mriganka SurからNature
加藤さん回
のChR構造論文
佐野さん回
あやかさん回
研エン
神谷先生
発火頻度のログノーマル分布
Alison Barthのやつ
Toroidal回
GEVI回
Kilosort4論文
牧野さん回
サットン本
藤島さん回
麻しんワクチン接種について（Q７）
ロジスティック曲線ではなくロジスティック写像でした

Editorial Notets:


優しいおたよりばかりでホッととしました (脇)
健康のために12月にあるハーフマラソンにエントリーしました。スキーシーズンinしたときには既にいいコンディションという利点も。というわけで有酸素もやります。(萩)

健康診断、３年めのタックスリターン、グリーンカード取得、万年筆と競技ペン回しについて雑談。文献紹介は、RNAで認識部位をプログラム可能なリコンビナーゼ、プローブのPhotoswitchingによるアーティファクト、軸索ミトコンドリアはATPを消費する、のプレプリント (3/10収録)

Show Notes (番組HP):


たち：白子 (英語メニューだとSoft Roeって書いてあってFish Spermじゃないんだな、と思うなど)
コメント募集！のGoogle Form
Querie.me
3年めのJ1ポスドクのタックスリターン
IRSのExemption 記述その１ vs  記述その２
SPRINTAX ReturnsとCalculus
税金計算ソフトのチャットボット間違えまくり、の記事
7000ドル追加徴税の回
日米租税条約第２０条廃止について：1,2年めも米国源泉所得がある場合は徴税対象っぽい？
JHUがまとめたフェローシップリスト
NIHグラントのEligibility
USCIS: 米国市民権・移民業務局のこと
Jetstreamの芯が国際規格に　６年前でした
宮脇が使っているLAMY の万年筆
Faber‐CastellのE-Motion all black
萩原さんが想定していたLAMYの万年筆　(サファリ)
ゲルト・ミュラーがデザインしたBraun sixtant SM 31とLAMY 2000
ペン回しの技一覧
さらさら系のJetstream対抗馬はゼブラのサラサでした。
ぺんてるのシャープレット クリップを取り外せるのはシャープレット"2"でした。

文献紹介パート


一報目：Bridge RNAs direct modular and programmable recombination of target and donor DNA
Arc Institute
Patrick Hsu
Silvana Konermann
西増先生
マイクロスケール熱泳動
Evo
二報目：Comment on ‘Accumbens cholinergic interneurons dynamically promote dopamine release and enable motivation’
Nicolas Tritsch
Mohebi et al のAccumbens cholinergic interneurons dynamically promote dopamine release and enable motivation
Frenemy
Bernardo Sabatini とTritschのb2b nature
Dana et al.,のjRCaMP1a, bとjRGECO1a Fig2-Supple3,4がPhoto-switchingのFig
Erratum (出版社側のミスの訂正)というよりはCorrigendum(著者側のミスの訂正)でした
SchultzのRPE
メンデル捏造？に関する議論のまとめ
赤色dLight
Mohebi & Berke のNature論文
Azcorra et al., Awatramani と Dombeckの論文
内田さんの論文
最近Stephan Lammelが出したNature Neuroの論文
一人で訂正これでこれを訂正したと思っていましたが、
自己訂正というよりかは、StuberとDAT-Cre vs Th-Cre でやり合っていた感じでした
Voltage IndicatorのPhotoswitch
IRを一緒に当てると褪色が遅くなる
Kaede
CAMPARI
X-CAMP R
RCaMP3 Nature Methodsに掲載 (3/21)
初代mScarlet
Kaesarのドパミン軸索でのaction potential initiation by Cholinergic input
Stephanie Cragg
三報目：Most axonal mitochondria in cortical pyramidal neurons lack mitochondrial DNA and consume ATP
平林先生
Bio-stationさんのポッドキャスト
Franck Polleuxラボ
田尾さんのミトコンドリア局在と軸索分岐の論文
もう一報出てたやつ：Polleuxラボからでした
本来のScanning Ion Conductance Microscopy
SypHer
iATPSnFR



Editorial Notes:


ボストン唯一の万年筆専門店がつい最近閉業したらしい。惜しい (脇)
引越し全部自分でやったので結構大変でしたが無事終わりました。まだ新居全然片付いてないですが、広くなって嬉しいです。万年筆を眼球に..はジョジョ3部ですが誰にも伝わってなさそう(萩)

北京脳科学研究所の大久保達夫さんゲスト回。工学部からシステム神経科学に進んだきっかけ、FeeラボPhD時代、WilsonラボPD時代、現在のデータ解析を中心とした働き方の狙い、専門の分業に関するディスカッション、等 (12/30 収録)



Show Notes (完全版):


大久保さん個人HP
吉良さん@Chris Harvey Lab
計数工学科
Michael Fee lab
FeeラボでのNature論文
の日本語版解説
FeeラボでのNeuron論文
の日本語版解説
Rachel Wilson lab
Neuron論文
Pattern RecognitionとMachine Learning (PRML)
パターン認識の教科書の表紙
Parallel Distributed Processing (PDP): 並列分散処理で認知機能を説明しようとする1980年代に流行ったUCSDを中心とする認知科学のグループ。
Paul Churchland の本The Engine of Reason, the Seat of the Soul
Patricia Churchland
Mark Churchland
Anne Churchland
Terrence Sejnowski
The Computational Brain
Dmitriy AronovのScience論文（HVC破壊してもSubsongは残る）
COSYNE
Temperatureのやつ
鳥の歌生成に関わる脳領域、RA、HVC、LMAN の関連など
Jesse GoldbergのDopamineがPerformance errorをコードしている論文
親の歌を聴かせなかった時のHVCのシーケンス活動
Galen達がミニスコープを作ってカルシウムイメージングを始める
Genetic Dissectionのレビュー論文 2008
Andreas Luthiと David Anderson のb2b 2010
ハエはニューロンが個体を越えてIdentifiable: 仕事としては逃避を司るgiant fiber interneuronというのが古くから知られていて一番有名ですが、このニューロンは巨大なので例外で、ほとんどのタイプはsplit-Gal4のラインが整備されて以降（ここ10年）解析できるようなってきました。以下の仕事が代表的な例として挙げられます。



麻生さんのキノコ体の神経解剖、光遺伝学の仕事
並木さんの下降性ニューロンの仕事



実際split-Gal4作りがうまくいくと（２つのGal4ラインのうまい組み合わせが見つかると）、麻生さんの論文のFig. 2のように左右に一つずつあるニューロンが綺麗に取れてきます。一旦split-Gal4ラインができてしまえば、GFPを発現させてパッチしたり、オプトで活動を操作したりと、単一ニューロンレベルで解析できるのが良いところです。もちろん一つのセルタイプに複数のニューロンがあることもあるので、その場合は同じセルタイプ内では区別はできませんが（大久保）
ちなみにこのビデオがhemibrainというEMのデータから再構築されたニューロンのギャラリーで、一個のcell typeに名前がついていて、ユニークな形をしているのが分かりやすいと思います。このユニークな形のおかげで、EMのデータとsplit-Gal4を作る際に撮った光学顕微鏡のデータのマッチングは非常にうまくいっていて、同じニューロンを両方のデータで見つけられます（大久保）
髭さんのキノコ体の電気生理の仕事
並木さんの下降性ニューロンの仕事
ハエのConnectome論文 Central Brain Whole Brain
大学院生がやった行動実験の仕事（嗅覚と風を検知する機械受容覚にコンフリクトがあった場合、機械受容覚に従う）
Vivek Jarayaman
の仕事
ハエDual Patch, 隣の大学院生がやった運動に関するニューロンのdual patchの仕事
ハエのTriple Patch: このWilson研の大学院生の仕事のFig. 4ではシナプス結合している３つのニューロンからのin vivo同時記録という超絶技巧あり！
Janeliaがハエのラインをリリースした（Split-Gal4）
風間さん
Wade Regehr
Bernardo Sabatini
Chri

新年のんびり雑談回。去年の振り返りと今年の抱負、おたより回は実現可能なのか。後半は2023年お気に入りアルバム10選、お気に入りYouTubeチャンネル5選。(1/11収録)



Show Notes (番組HP):


震災関連の寄付窓口まとめ
最近のエピソード
〇〇を救いたい
NeuroRadioへのお便りフォーム
Querie Tips
研エンさん
の、おたよりフォーム
Overleaf
DiscoverabilityとEnforceabilityについて言及した記事
Science Advancesにのったやつ
について扱ったNeuroRadio回
ニコラス就職
K99/R00
去年の年始回

2023年宮脇お気に入りアルバム 10選


Favorite Album 2023まとめツイート
Sufjan StevensのJavelin
Illinois Apple Music Spotify
Call Me By Your Nameで使われてた歌
ギランバレーになった
10: Deena Abdelwahed - Flagranti (EP)

Flirt
Heba Kadry
YMOのAbsolute Ego Dance
Jbal Rrsas

9: Ricardo Dias Gomes - Muito Sol

Menos
Joao Gilberto
Stan Getz
Nara Leao

8: Laurel Halo – Atlas Apple Music Spotify

Late Night Drive
Hyperdub
Lucy Railton
James Underwood
Ryoji Ikeda
Alva Noto

7: Headache - The Head Hurts but the Heart Knows the Truth

Bucket Listener
Vegyn
Frank OceanのBlonde
Blonded Radio
PLZ Make It Ruins

6: Model/Actriz – Dogsbody

Amaranth
Steve AlbiniのBig Black
Rapeman
Shellac
Arca

5: Sanam - Aykathani Malakon

Bell
CAN
Faust

4: Ali Sethi & Nicolas Jaar – Intiha

Muddat
Nicolas JaarのTelas Apple Music Spotify
Ziggy Stardust Apple Music Spotify

3: Goat - Joy in Fear

プロモ映像
Kraftwerk Man-Machine Apple Music Spotify
Weired Fishes / Arpeggi
boomkat
KakuhanのMetal Zone Apple Music Spotify

2: Titanic – Vidrio

Anonima
Mabe Frattiの作品
ラジオのように
Life Without Buildings

1: Bendick Giske – Bendick Giske AppleMusic Spotify

Rush
Beatrice Dillon
Steve ReichのIt’s gonna Rain
Pharaoh Sanders
Albert Ayler
その後につづいたシングル 曲も良いですが “See on both sides like Chanel” が秀逸すぎてハマりました
Dissect podcastのBlondeに関するシリーズ




2023年萩原おすすめYouTube 5選


1: パワーチューブ



おすすめ動画: 2023年最新！ベンチプレスの【基本】はこれで分かる！日本王者解説！
牛山選手
SBD
が主宰するシェフィールド

2: Jeff Nipperd

おすすめ動画：How To Train Like A Minimalist (More Gains In Less Time)
Broscience
Progressive Overload
今古賀翔
走ることについて語るときに僕の語ること

3: 散財小説ドリキン

おすすめ動画：「本日最終日！ゼンハイザー e935 vs e945 vs Shure MV7 仁義なきサイドバイサイド比較」第2086話
おしりが洗えるシャワー
を取り上げたNR回
U87Ai, SM7B, Beta58A, EarPods
Rebuild.fmどりきんさん回まとめ

4: ReHacQ−リハック−

おすすめ動画：【最先端！快眠の科学】Google賞金4.5億！天才睡眠学者が登場【常識覆す研究】
日経テレ東大学
菅前総理回
国民民主党の党首回
新NISA回
山崎元氏による新NISA解説

5: 小倉知巳のイタリアンプロ養成講座

おすすめ動画：ミシュラン1つ星イタリアン店の「スパゲティ・カルボナーラ」【#イタリアンプロ養成講座 vol.8】
Regalo
落合務のパーフェクトレシピ
戸羽シェフのチャンネルに首つっこんだ回
ステッカー試作品


Editorial Notes:


今回からマイクがYetiからSM7Bになりました (脇)
2024年はとりあえずZAZEN BOYSの12年ぶりの新譜を座禅して待機しています。そういえば向井秀徳がスティーブ・アルビニみたいな音像にしたくてデイブ・フリッドマンをエンジニアにしたとか言っ

有識者会議、Seattle Hub for SynBio、マイク談義、理論系とのコラボについて雑談。論文紹介は、性周期に依存した報酬予測誤差シグナルの違い、Cas9 RNPそのものを細胞内に導入する手法、マウス用VRゴーグル、細胞種特異的なmiRNAをbulkのRNA seqで読む手法、ヒトからラットへの恐怖伝達、など (12/10 収録)


Show Notes (番組HP):

雑談パート


グローバル・スタートアップ・キャンパス構想に関する有識者会議
齋藤さんNR回 1 2
使った発表資料(pdf)
Nature Biotech のChurchラボに関する記事 (pdf)
ヴィースのHow We Work
ヴィースのしくみに関する記事
Business Development人材のリスト
Allen +UW+CZIのSeattle Hub for Synthetic Biology
Jay Shendure
David Baker
Rui Costa
浜崎さん
林さん
浜崎さんの歴史的な仕事
コンデンサマイク vs ダイナミックマイク
Blue Yeti
Brooks Brothers破産
今年のBlack Fridayはそんなに良くない？：10月からの割引が結構あったという話らしい？
Shure MV7
Shure SM58
Shure Beta 87A
イアンの回
昔の北沢さん回
MOTU M2
Shure SM7B
(Geforce RTX) 3090
Neumann U87 Ai
U47 Frank OceanがBlondeのレコーディングで使用
Jeremiah Cohen
UWのEric Shea-Brown
豊泉さん
Stefan Mihalas
MindScope終了
Shaul Druckmann
最後の方の稲垣さんの仕事
Sandro Romani
M3 Pro Max

論文紹介パート


論文１：Estrogenic control of reward prediction errors and reinforcement learning
Christine Constantinopleラボ
Randy Brunoラボ
Brunoラボ時代の仕事
Thalamo-cortical Axonのターゲットlayerは皮質によって異なる (モダリティではなく一次/二次感覚野の違いでした 脇)
Bruno、ポスドク時代の超絶技巧
Larkumラボ
の上だけ止めるmanipulation：たとえばコレのBaclofen局所投与
Brodyラボ
Brodyの所で出した論文 1 2
塩野七生
ローマ人の物語
コンスタンティノープルの陥落
中島さんのCellの仕事
さやかさん回 1 2 3 4
タスクの詳細が載ったNature Communicationsの仕事
Silvia Arber
optogenetic activation assesses what a neuron can do, but not what a neuron does do
さやかさんの論文
AllenのABC Atlas
GPCRのInternalizationによる不活性化
DATのアンタゴニストGBR 12909
柳下さんの一連の仕事 – Slice: 1; Behavior:2
George Augustine
Erwin Neher
細胞内カルシウムのモデリングの仕事
論文２：Engineering self-deliverable ribonucleoproteins for genome editing in the brain
Doudnaラボ
SV40 NLSをつけるとそのまま入る、の論文
Cell Penetrating Peptide に関するレビュー
筆頭著者が同時に出していたLNPによる投与のプレプリント
Broadの人達がやっているデリバリー 1 2 3
論文３： Full field-of-view virtual reality goggles for mice
Daniel Dombeck
David Tank
２光子顕微鏡の下でマウスを走らせたNeuron論文 (2007)
海馬での応用が2010 NN
Chris Harveyの仕事
Moserとかがオーサーに入ってる、VR使用時の注意点ディスカッション
Zemax
論文４：Mime-seq 2.0: a method to sequence microRNAs from specific mouse cell types
Loisa Cochella
Mime seqその１ in Nat Meth
miRNAによるAstrocyte以外でのTransgene分解
glycolRNA Cell 2021
Bertozzi
筆頭著者のRyan Flynn
続報プレプリント
Bertozziは元々糖鎖合成の化学者でした
論文５：Rats respond to aversive emotional arousal of human handlers with the activation of the basolateral and central amygdala
ハンドラーの性によって行動が変わる、の論文
ラット、かくれんぼする
ラット、くすぐられて笑う
Brecht
Contributed Submissionがなくなった? ->嘘でした、まだ

University College London/Sainsbury Wellcome Centre 博士課程の黒田澄哉さん(@_sumiyakuroda)、中野誠大さん(@_mnakano)がゲスト。UCL/SWCでのPhDコース、Tom (& Tim)  ラボでの仕事の様子、PhDアプリケーション時の話、ロンドン生活について伺いました (11/10収録)



Show Notes (番組HP):


中野さん
黒田さん
Optical BiologyのPhDプログラム
SWCのPhDプログラム
Tom Mrsic-Flogelラボ
Tim Behrensラボ 1 2
Lucy (Rotten Tomatoes)
黒田さんがラマンをやっていたところ
USMLE
水島研
大木研
Elective Clerkship（エレクラ）体験談いろいろ
Matteo Carandini
Kenneth Harris
Cortex lab
Isaac Bianco
Florian Engert
Andreas Shaefer
クリック研究所のNeuroscience
King’s College London
Jeffrey Erlich
Carlos Brody
Athena Akrami
LabVIEW
Bpod (中身はただのTeensy的なマイコン)
PyBpod (全然メンテされてなくて微妙)
Bonsai Harp
Gonçalo Guioma
Allen が引き抜いたBruno Cruz
の論文とか
Ivan Voitov
Ivana Orsolic et al., 2021 Neuron
Teensy (Arduinoの.inoスケッチで動くマイコン。CPUがArduinoに較べて謎に強力)
Aruduino
Maxime Rio
IBL
IBLのHarpによるBehavior control
Champalimaud (IBLの出資元)
SLM (Spatial Light Modulator) 解説
Michael Häusser
Adam Packer 2015
Deisserothが使っているAll Optical Physiology用顕微鏡
Thomas Akam
Mohamadyによるプレプリント
Timが最初にやったNose Pokeの仕事
Cambridge Probes
GPCRのInhibition PdCO
2p SLMでのGtACRを使ったinhibitionは一応あるがまだbiologyには繋がっていない
服部さんのpaAIP使った仕事
古館さん回 1 2
Sonja Hofer
SWCの顕微鏡チーム
Troy Margrie
Rob Campbell
Bruno Pichler
の会社INSS
COSYS
のDaleさん
Tiago Branco
SWCのウイルスのコア
SNTN (Systems and Theoretical Neuroscience) 20/21年版
Marcus Stephenson-Jones
Tom Otis
Angus Silver
KennethのNeuroinformaticsコースClass Page
Ken Harris のnonsense correlation
イメージングとTranscriptomeの対応
Yoh Isogaiラボ (現Allen)
Gatsy Computational Neuroscience Unit
Peter Latham
Maneesh Sahani
John O’Keefe
Tiago のSynaptic Threshold
Goal/Subgoal
SC
Georg Keller
Karl Lashley (タスクが難しすぎる&マルチモーダル過ぎたのが敗因と解釈されることが多い)
Rainer Friedrich
元々DTIをやっていた
Mark Walton
Tolman-Eichenbaum Machineの論文
James Whittington
金森さん
2011年のHo Ko論文
Ho Ko lab
Andy Murray lab
デスク含め全てが波打っている
SpareRoom



Editorial Notes:


LUCY観た人いたら連絡してください笑（中野）
Georg推し人間みたいな感じになってしまいました（黒田）
２人とも今すぐポッドキャストのホストできそうな感じで面白かったです（脇）
新海は言の葉の庭(を含む)以前派です。黒田さんがPAWorks推しと認識してるのですがShirobakoの話するの忘れました（萩）