バイオステーションポッドキャスト Bio-station Podcast Biostation

理化学研究所で研究室を主宰されている岩崎信太郎さんをゲストにお呼びしました。泊研でのエピソードから、バークレー(Ingoliaラボ)での留学話、最近の岩崎研での研究からさらなる展開まで一連の翻訳研究についてお聞きしました。また留学アドバイスなどもいただきました。ちなみにエピソード内で言及を忘れていましたが、岩崎さんと管理人は留学先の建物が同じであるとともにボスのボスが同じ(Dr. Jonathan Weissman)という点でも共通でした。(収録日2024.03.28)


岩崎ラボホームページ

泊ラボホームページ

Nick Ingolia lab

坪山さんの回

熊本大学発生医学研究所教授の石黒啓一郎さんをゲストにお呼びしました。坂野研時代のエピソードから、留学時のエピジェネ研究の黎明期の様子、さらに減数分裂のキー因子Meiosinの発見からさらなる展開までお聞きしました。さらに職業として学問を行う心構えについてもお聞きしました。(収録日2024.02.08)

石黒研究室

坂野先生

坂野研の時の論文

留学先での論文

Meiosinの論文

東大工学部で准教授として研究室を主宰されています平林祐介さんをゲストにお呼びしました。これまで平林さんが成果をあげられてきた神経幹細胞のクロマチンによる運命制御機構の解明やオルガネラ相互作用の研究について、留学事情や日本での独立事情などキャリアについてのトピックも交えてお話ししました。(収録日2023.11.07)



今回収録時間の関係もあり研究内容の詳細をお話ししていないので、以下を参考にしていただければ幸いです(文責/管理人)。

・最初の仕事(Development, 2004)神経幹細胞研究の黎明期にWntシグナルが神経幹細胞のニューロン分化を促進することを報告。in vitro, in vivoの両方においてWntシグナルの活性化により神経幹細胞からニューロンへの分化が促進する。

・ポリコームの仕事(Neuron, 2009)Wntは発生後期にも活性化しているにも関わらずニューロン分化が起きないメカニズムとして、ヒストン修飾による遺伝子発現の抑制を報告。

・留学先での仕事(Science, 2017)ミトコンドリアと小胞体を繋留するタンパク質としてPDZD8を同定。哺乳類では初のミトコンドリア-小胞体テザリング因子の発見。

・独立して最初の仕事(PLoS Biology, 2023)オルガネラの詳細な観察のため、対話的に深層学習モデルをトレーニングする画像解析プラットフォームを開発。迅速かつ正確な連続切片電顕画像の再構成でミトコンドリアやクリステ構造を3次元再構築。



Shownotes:

平林さんラボHP

後藤研

仲嶋先生(慶応)

古関先生(理研)

佐原さん(King's College London)

東大/生産研で今年度から研究室を主宰されています坪山幸太郎さんにお話をお伺いしました。オートファジー/RNAサイレンシング機構/HEROタンパク質群の研究から最近のタンパク質の安定性を決めるアミノ酸配列ルールの研究に至るまでどれも非常に感銘を受けました。研究をうまく進めるためのヒントも盛りだくさんだと思います。(収録日2023.08.03)



坪山研ホームページ



水島研 ホームページ

水島研での坪山さんの論文



泊研ホームページ

泊研での坪山さんの論文1 (HSP)

泊研での坪山さんの論文2 (HERO)



岩崎さん(ラボHP)

深谷さん(ラボHP)



Gabriel Rocklinラボ

David Barkerラボ

Rocklinラボでの坪山さんの論文

Rocklinさんの論文

NIHでPIをされている明楽隆志さんをゲストに、メンデルの法則に従わない利己的なDNAの遺伝 (Meiotic Drive) の研究について、またアメリカでの研究事情などについてお聞きしました。さらに最近の宇宙飛行士選抜で最終候補まで残られたということで宇宙飛行士選抜についてもお伺いしました。(収録日2023.07.07)

(*冒頭の紹介で抜けてしまいましたが聞き手として東大/平林研助教の壷井さんにもご参加いただきました。)


Shownotes:

明楽さんラボHP

明楽さん(ラボ)の論文

PhD 1報目

PhD 2報目 (日本語の解説)

ポスドク 1報目 (日本語の解説)

ポスドク 2報目

最近のBioRxiv



Michael LampsonラボHP

佐藤政充先生ラボHP　

東大定量科学研究所(胡桃坂研究室)助教の鯨井智也をゲストにお呼びしました。鯨井さんはクロマチン構造分野で次々に新しい構造を決められており、特にRNAポリメラーゼ2とヌクレオソームを中心とした転写複合体の構造や、自然免疫にかかわるcGASとヌクレオソームの構造などでトップジャーナルにも多くの論文を出されています。今回クロマチン構造解析の歴史やこれまでの研究の裏話などをお聞きしました。(収録日2022.10.21)



Shownotes:

胡桃坂研究室

木村宏先生

Mintobody(例)

抗体の論文



①H3.Yの話

3.Y＝ヒストンバリアントH3.Y (最初説明も忘れた上に、3.1って言っている気がします、すいません。)

鯨井さんの論文 (NAR, 2016とNucleus, 2017)

ヌクレオソームの高分解度構造(1997)

H2A.Zを含むヌクレオソーム構造 (2001)

H3.Tの構造 (2010)

H3.Yは2010年に発見された

CENP-Aの構造

堀越さんがH2A.Z

有村さんがH2A.B



②Pol2の話

鯨井さんの論文(Science, 2018; Science, 2019; Science, 2022)

大川先生

細胞内でヌクレオソームは転写のバリアになっている(Steven Henikoffラボの論文)

関根先生

町田さん(の論文)

Grafix法

SMARCAD1-nucleosomeの構造

Cramerラボと競争になっていた

Seychelle M. Vos



③cGASの話

鯨井さんの論文(Science, 2020)

同時に出た4本の論文(1, 2, 3, 4)

船曳先生

CENP-N

Christian Zierhut (2019年にCellに論文出してる)

GFP-cGASでの局在解析

2019年のeLife

Nicolas Thoma