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RNA分子の空間的な近接性を計測するRIC-seqという手法について、原著論文を紹介しました。Shownotes

RIC-seq for global in situ profiling of RNA–RNA spatial interactions. Nature 2020…今回紹介したRIC-seqの原著論文へのリンク。
核酸の二次構造 (Wikipedia)
RNA結合タンパク質 MBLライフサイエンス
ノンコーディングRNA動態解明の最前線 (pdf)
Micrococcal Nuclease, NMase (NEB)
Ep16, Researchat.fm…エピソード16では分子の近接性から空間構造を再構成するさまざまな方法について解説しています。
Comprehensive Mapping of Long-Range Interactions Reveals Folding Principles of the Human Genome. Science 2009…Hi-C法のオリジナル論文。
平成29年度 NGSハンズオン講習会 Hi-C解析…Hi-Cのデータ解析についてはこの資料がよくまとまっている。
RNA Duplex Map in Living Cells Reveals Higher-Order Transcriptome Structure. Cell 2016…RIC-seq論文のなかで類似手法として比較されたPARISという方法の原著論文。
クライオ電子顕微鏡について
AUC/ROC曲線 (三重大 奥村先生)
疾患におけるA-to-I RNA編集酵素ADAR1の役割 (生化学 2016年)…RNA編集についての詳しくてわかり易い日本語解説論文。
RNA Conformation Capture by Proximity Ligation. Annual Review of Genomics and Human Genetics 2020.


Editorial notes

技術もさることながらその論文のストーリーがとてもよかった (soh)
PUBG-seqとか出てこないかな (coela)
Hi-Cはproximityをベースにはしているはずなのですが、実際の距離はわからないので、オリジナル論文に従ってcontact probabilityというべきだったなと思っております。ただcontactとは？？？ (tadasu)

第二回異世界分子生物学会の周辺について話しました。Show notes

第2回異世界分子生物学会(本) … 感想は #異世界分子生物学会 でよろしくお願いします。
第2回異世界分子生物学会(電子)
第1回異世界分子生物学会(本)
第1回異世界分子生物学会(電子)
日本分子生物学会
怪獣生物学入門 … 理研 倉谷滋先生が描く、怪獣デザインとは何か。SF作品に登場する架空の生物のリアリティーについて第一線の発生生物学者が解説する。これこそ異世界発生生物学会といえる。
researchat.fm ep38 … dessanといろいろ語った回。dessanが異世界分子生物学会に投稿した作品についてはこのエピソードで話されています。
思弁的実在論
Christian de Duve
進化の特異事象
質疑応答 … 異世界分子生物学会における質疑応答用のハッシュタグ
真性半陰陽
オメガバース
国産み
淤能碁呂島
鬼滅の刃
ハニーワゴンメモリーズ … dessanのうんちバイオパンクSF作品。必読です。
トクロンティヌス … 世界最高峰のゲノムデザイナーでありながら、売れっ子Web小説家としての顔も持つトクロンティヌス先生。一体何本の連載を持っているのか。いつ更新が行われるのか。それはトクロン大先生ですら知り得ないこの世の不思議である。トクロン先生のカクヨム
人鳥暖炉 … 星新一賞を受賞された研究者。今回の第二回異世界分子生物学会長である。人鳥暖炉先生の小説
やまけん … 今回の組織委員長。ツイートをみるに、今回の異世界分子生物学会はやまけんさんがいなければ成立しなかったであろう。やまけん先生の小説
Ayane … 今回の異世界分子生物学会では、鬼滅の刃についての作品を書かれている凄腕テクニシャン。分子生物学実験のあるある漫画は必読。あるあるすぎて怖い。Ayane先生の漫画
いんよう第82回 … 大人気ポッドキャストのいんよう。こちらでも異世界分子生物学会について話されています。


第二回異世界分子生物学会に参加された方の中でresearchat.fmのshow notesにおいて紹介したい作品があった場合、連絡していただければ掲載いたしますので、ご連絡いただければと思います。


Editorial notes

私のシェアハウスで録音したので、ページを捲る音、椅子の音、鳥のさえずりなど環境音が入っています。申し訳ありません。(dessan)
一部、かなりお聞き苦しい音にしか編集できずに申し訳ありませんでした。なかなか対面気持ちが早まりすぎてめちゃくちゃな早口になってしまいました。マサチューセッツ州が新型コロナウィルスによる外出規制を実施する数日前に録音した思い出深いエピソードになりました。(tadasu)

科学論文の探し方、読み方とその楽しみ、そして理想の論文について三人で熱っぽく話しました。Shownotes

Nature Review Cancer…Natureが出版しているレビュー誌の一つで、がん研究に関連する論文を取り扱う。
Nature Review Genetics…Natureが出版しているレビュー誌の一つ、遺伝学に関連する論文を取り扱う。
Boston Chromatin Club Blog
Karl Deisseroth (Wikipedia)…光遺伝学の開祖
DNA microscopy, researchat.fm…これについては、エピソード16で解説しています。
物体にデータをエンコードできる「モノのDNA」の時代が、小さなウサギのフィギュアから始まった (WIRED)
Eric Lander (Wikipedia)…Genomicsを作った重鎮のうちの一人。
Leonard Adleman (Wikipedia)…AdlemanはDNA computingという分野を作った。これについては、エピソード24で紹介しています。
Researchmap
OCRID…研究者に固有のidを付与することで業績と人物を関連させるためのIDシステムとそのwebサイト。
Gene to Cells…日本分子生物学会の発行する論文誌
Cold Spring Harbor Lab Press
ABC予想の京大 望月先生のホームページ
abc予想の主張を理解する (Youtube)…教育系Youtuberヨビノリさんのこの解説動画はとてもわかり易くてよかったです。
Cell Press, STAR Methods
ripgrep-all (Github)…“rga: ripgrep, but also search in PDFs, E-Books, Office documents, zip, tar.gz, etc.”とのこと。めちゃ便利そうですね。
fzf（fuzzy finder）の便利な使い方をREADME, Wikiを読んで学ぶ…コマンドラインから曖昧検索をするツール
エスペラント語…一般社団法人日本エスペラント協会なんてものがあるんですね。
形式言語の構文と意味
Unix哲学 (Wikipedia)
Betweenness centrality…グラフにおけるノードの重要性を評価する指標の一つ。
researchat.fm ep4 … 情報収集について話しました。


Editorial notes

名言？が多い回でした。論文に貴賎なしとはとてもいい言葉だと思いました (soh)
きれいごとを話しすぎた感があります。自分の行動にも矛盾ありまくりなのがよくわかりました。論文に貴賎なしですが、いい/おもしろいと思う論文があるのも事実です。立川談志師匠の落語論について思い出しました。(tadasu)
色々熱が入ってしまいました。全然関係ないですが最近sfvでスーパーゴールドになりました(coela)

クモについて詳しいゲストを迎え、フリーハンドで丸と直線を描くトレーニング、メールで進むかまいたちの夜、自作PC、論文管理の難しさ、趣味としてのポッドキャスト、コーディング環境とWet/Dryのデータ管理について話しました。Show notes

Readable Lab NotebookのTipsを集めたいので、ご協力いただける方はtwitterにつぶやいていただくか(我々が検索可能な形であればうれしいです)、お便りコーナーから連絡いただけると助かります。そのうちまた紹介したいと思います。
幻影旅団
HUNTER×HUNTER (Amazon)
フリーハンドで丸と直線を書く…デザイナーの山中俊治さんによると、
「今でもスケッチを描く前には、初心に返って、一枚の紙を楕円で埋めつくすことから始めます」 とのことです。
手塚治虫 (Wikipedia)
かまいたちの夜ニワンゴ版…JavaとPHPで実装されていた
ニワンゴトップページ…Internet Archive (2009年)。懐かしい。ちなみにこの頃、ニコニコ動画は Youtube の上にコメントを表示するサービスでした。
Linux
Ubuntu
AMD Ryzen 7 3700X
NVIDIA Tesla V100 32GB
GTX 1070 Ti…このあたりがお値段も手頃で良い。
CUDA
AWS
光るメモリ…どうだ明るくなったろう。
光るキーボード…明るい！
LG 27 inch UltraFine 5K Display
Apple Pro Display XDR
MacBookProの車輪
MacBookProの脚
液浸冷却 サーバを丸ごと液体に浸して冷やす「液浸冷却システム」【FUJITSU JOURNAL】…解説があります。ドッキリに使えそう。
MOD PIT 02: The end results (水冷式)…見てると欲しくなりますよね。
EK’s ultimate CPU water block…格好いい。
TSUBAME
フロリナート
Zotero…論文のPDF管理ソフトのうちの一つ。Nakamuraさんが使っている。
Mendeley
GoodNotes…iPadで手書きメモ
Blue Microphones Yeti USBマイク
Anchor
Stand.fm
click…Python用のコマンドラインツールを便利に作れるライブラリ
jupyter notebook
Docker
elm…JavaScriptにコンパイルできる関数型プログラミング言語の一つ。
リーダブルコード (Amazon)
Plasmids 101: How to Name Your Plasmid in 3 Easy Steps…Addgeneにもドンピシャのブログがありました。ぜひ参考に。
地球平面協会のウェブサイト…地球平面説は、ガリレオの時代の話が有名ですが、これは現代の話。
ビハインド・ザ・カーブ ー地球平面説ー (Netflix)…地球は平面だと信じる人達を追ったドキュメンタリー。見終わるとモヤッとした気分になります。Nakamuraさん紹介でsohもおすすめ。
殺人鬼との対話：テッド・バンディの場合 (Netflix)…多分これのことを言っていたんだと思うNetflix はこの手のサイコパス物が充実していて、他にはピザ配達人爆死事件の番組もおすすめ
殺人犯の視聴率 (Netflix)…マナウスで大人気のテレビ番組司会者、ウォレス・ソウザ。彼とクルーは報道番組「カナル・リブレ」を通じて、犯罪撲滅のため日々戦っていた。しかしある日……
ハイパー ハードボイルド グルメリポート…ヤバいところに行っヤバイ人と飯を食う番組。ディレクターの上出遼平さんのインタビューも面白い。書籍が出たそうです。


Editorial notes

光るPCはロマンだと思ってます (nakamura)
昼飯作っていて最初らへんの収録に乗り遅れました (soh)
次作るキーボードはめっちゃ光らせるって決めてる(coela)
readable lab notebook ほしいなぁ(tadasu)

クモに詳しいゲストをお呼びして、クモについて話しました。Show notes

Albert-László Barabási … scale-free networkで知られるネットワーク科学研究者
Uri Alon … システム生物学の研究者。
Uri Alonによるシステム生物学の授業 (YouTube) … 以前から更新されているUri Alonによるシステム生物学の授業。授業の中でリラックスのために深呼吸を促すこともある。
システム生物学入門 (Amazon) … Uri Alonによるシステム生物学に関する入門教科書。
ネットワーク科学: ひと・もの・ことの関係性をデータから解き明かす新しいアプローチ (Amazon) … Barabásiらによるネットワーク科学の教科書
クラスタリング係数
The Extended Phenotype: The Long Reach of the Gene … Richard Dawkinsによる外部表現型に関する解説本
Bond et al. 2014 (Current Biology) … クモの巣の分類と分子系統進化に関する論文。クモの巣を作る能力は複数回獲得されたのか、それとも複数回失われたかについての議論。
Coddington et al. 2019 (PeerJ) … Bondグループによる最新の論文。
クモの巣について … クモの巣について。こちらを読むと理解が捗ります。
ハラフシグモ … ハラフシグモ科のクモ。腹部に体節の痕跡がある。かわいい。
ナゲナワグモ … 粘球のついた投げ縄を使って獲物を捕まえるクモの総称。日本にはムツトゲイセキグモ、マメイタイセキグモが生息している (谷川 1997)。ムツトゲイセキグモの生態については、新海らによる報告に詳しい (新海 and 新海 2002)
オオヒメグモ … 人家やビルなどの人工物の近くによくいるクモ。円網ではなく、一見不規則な不規則網を張る。ゲノムが解読されている 、成体になるまでの期間が短い(2 ~ 3 ヶ月)、飼育がしやすいという理由から、発生の研究に使われており、JT生命誌研究館の小田広樹氏らによって発生生物学的なツールが精力的に整備されている。 (Oda and Akiyama-Oda 2020)
ジョロウグモ … 秋に成体となる大型のクモ。おそらく最もポピュラーなクモの一つ。
CRISPR/Cas9 … ゲノム編集に使われるシステム。ep2などを参照のこと。
寄生バチ
クモヒメバチ
クモヒメバチに操作されるギンメッキゴミグモの全造網過程の動画 (YouTube)
ゴミグモ … 円網の中心にゴミを貼り付けてカモフラージュすることからこの名前がある。
縦糸、横糸、枠糸 … 円網を構成する糸の呼称。ネバネバしているのは横糸のみ。
中島みゆき　糸 (Amazon)
幽★遊★白書 (Amazon) … 冨樫義博先生の名作。美しい魔闘家鈴木については幽遊白書を参考のこと(大した話ではない)。
バルーニング … クモが風に乗って遠くまで移動する方法。
maz … 生物の飛行と遊泳の研究を行う若手研究者。生物の飛行と遊泳に興味がある人はmazさんのtwitterを見よう！researchat.fmで手に入れている飛行と遊泳に関する情報はほぼこの人のtwitterがソース。
Cho et al. 2018 (PLoS Biology) … クモのバルーニングと風洞実験に関する論文
Watch a ‘ballooning’ spider take flight (YouTube) … 上記の論文に関連したクモのバルーニングの様子に関する動画
偽円網 … ボロアミグモ科の Fecenia が造る網は、円網種が造る円網と構造が類似しているためこう呼ばれる。徘徊性のクモであるが、円網と似た網を造るところが興味深い。 (Blackledge et al. 2012)

RNA分子の局在を一斉に捉えるイメージング技術とそれをささえる巧妙な方法について原著論文を解説しました。Show notes

elmo囲い
電王戦
Single-cell in situ RNA profiling by sequential hybridization. Lubeck et al Nature Methods 2014…CaiらによるSeqFISHのオリジナル論文。無料で読めます。
Ep16. Beyond imaging (Researchat.fm)…エピソード16回ではイメージングせずに位置情報を再構成するDNA Microscopyについて解説しています。
WHAT IS SEQFISH?…CaiらによるSeqFISH技術紹介のページ。とてもわかり易いです。
Spatially resolved, highly multiplexed RNA profiling in single cells. Chen et al Science 2015…MARFISHのオリジナル論文。こちらも無料で読めます。
パリティビットの意味と誤り検出、誤り訂正の方法…誤り訂正に関する解説。
ハミング符号 : データの誤り検知/訂正をインタラクティブに学ぶ…MARFISHのプローブの設計において用いられた誤り訂正符号の一つ。
Researchat.fm お便りフォーム…Researchat.fmではリスナーの方からのお便りを募集中です。よろしくお願いします。
無能なナナ…おすすめマンガ
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Editorial notes

うまく解説できたか心配ですが、興味があるひとはこれを取っ掛かりに論文にもチャレンジするのもよいかもしれません (soh)
RNAの局在は非常に興味深いテーマですね、めっちゃ勉強になりました (coela)
Coela先輩は本当に意識が高いんですね。すばらしいスピーチでした (tadasu)