4. Как складываются белки и что про это понятно. Биофизик Дмитрий Иванков

Гейм с Новосёловым очень быстро получили свою Нобелевскую премию (ну, в нобелевских масштабах) — через 6 после публикации своей статьи про графен. А в 2024 году Нобелевскую премию по химии дали еще быстрее, через 4 года после того, как алгоритм машинного обучения AlphaFold2 начал предсказывать формы белков, смотря на последовательность их аминокислот. Но тут есть занятная деталь: алгоритм формы белков предсказывает, а люди всё ещё нет. То есть задача фолдинга белка вот уже пятый год регулярно решается, но в таком, «фундаментальном» смысле — не решена до сих пор.

Ивана по этому поводу терзает следующий вопрос: значит ли это, что на самом деле мы про фолдинг белка как не понимали, так и не понимаем? И поймём ли вообще? Поэтому Саша позвал в редакцию N + 1 Дмитрия Иванкова из Сколтеха — и вот что из этого получилось

Книги и статьи, упомянутые в выпуске: 

1. Материал про Нобелевскую премию по химии 2024 года: https://nplus1.ru/material/2024/10/11/folding-2024 

2. Эксперимент Анфинсена по денатурации-ренатурации РНКазы: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/13683523/ 

3. Работа Гутте и Меррифилда по полному синтезу РНКазы (и ее самостоятельному фолдингу): https://pubs.acs.org/doi/10.1021/ja01030a050 

4. Работа Финкельштейна и Бадретдинова 1997 года по решению парадокса Левинталя: https://doi.org/10.1016/S1359-0278(97)00016-3 

5. Описание метода предсказания третичной структуры, известного как protein threading (Рева, Финкельштейн, 1991): https://www.nature.com/articles/351497a0 

6. Метод ab initio предсказания третичной структуры (Бейкер, 1997): https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/10526365/ 

7. Статья Иванкова, Бейкера и Финкельштейна: https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/10526365/ 

8. Подробнее о Нобелевской премии по химии 2013 года: https://www.nobelprize.org/prizes/chemistry/2013/summary/ 

9. Первая статья, опубликованная по результатам работы суперкомпьютера «Антон»: https://www.science.org/doi/10.1126/science.1187409 

10. Что представляет собой AlphaFold 3: https://www.nature.com/articles/s41586-024-07487-w 11. https://www.youtube.com/watch?v=FojyYKU58cw

Над выпуском работали: 

Шоураннер Ваня Твердохлебов 

Продюсер Костя Зорниченко 

Режиссер Дима Фадеев 

Звукорежиссер Павел Жарёнов